En el laboratorio llevamos a cabo investigación sobre ecología microbiana de diferentes nichos ecológicos, aplicando herramientas de microbiología, biología molecular y genómica. Estudiamos los microorganismos presentes en suelos, agua, alimentos, fauna silvestre, animales de producción y de origen clínico.
Nuestro objetivo es la aplicación de herramientas epidemiológicas, microbiológicas y moleculares para estudiar las interacciones entre los microorganismos y sus nichos, así como el análisis de muestras complejas de origen ecológico, para conocer caracterizar la actividad microbiana presente y determinar si tiene una potencial aplicación biotecnológica en microbiología agrícola, biorremediación o impacto en la salud pública. Nuestros proyectos principales incluyen estudio de poblaciones microbianas con aplicación en la agricultura, caracterización del potencial de degradación de xenobióticos de microrganismos nativos, y evaluación del potencial impacto en salud publica de microorganismos distribuidos en el medio ambiente, así como vigilancia epidemiológica de microorganismos patógenos, es énfasis en aquellos de origen nosocomial y su resistencia y multi-resistencia a agentes antimicrobianos.
Esto se traduce en estudios de análisis de muestras microbianas complejas, caracterización de perfiles microbianos en nichos ecológicos de interés, del metabolismo relacionado a biorremediación, diagnóstico molecular de agentes infecciosos de interés medico y veterinario, vigilancia de perfiles de resistencia a antimicrobianos, y análisis de genómica microbiana funcional de cepas de nuestra región.
Los proyectos asociados a las líneas de investigación de la Maestría en Biotecnología Genómica y el Doctorado en Ren en Biotecnología son:
a. Biología funcional de Azospirillum sp
b. Caracterización de poblaciones microbianas asociadas a rizosfera
c. Caracterización funcional de poblaciones microbianas en suelos
d. Efecto de cultivos transgénicos sobre la actividad microbiana a partir del medio ambiente
a. Biología funcional de Sphingobium yanoikuyae
b. Biología funcional de Microbacterium sp
c. Aislamiento y caracterización de microorganismos nativos con potencial aplicación biotecnológica en degradación de xenobióticos
d. Estudio del efecto de consorcios de microorganismos con actividad degradativa de xenobióticos
a. Inocuidad microbiológica de alimentos
b. Inocuidad microbiológica ambiental
c. Epidemiologia molecular de microorganismos patogénicos distribuidos en el medio ambiente
d. Diagnóstico molecular de enfermedades infecciosas
e. Vigilancia microbiológica y genómica de resistencia a antimicrobianos
f. Actividad antimicrobiana de productos naturales
a. Diversidad genética de microorganismos con capacidad patogénica
b. Epidemiología molecular de elementos genéticos movibles en microrganismos de nichos ambientales
c. Genómica funcional de microorganismos con potencial biotecnológico
d. Análisis metagenómico funcional de nichos microbianos
1.Enfermedades emergentes y de importancia nacional
Tesis de Maestría en Ciencias en Biotecnología Genómica
1.Rastreo molecular y Genómico de genes crípticos relacionados a resistencia extrema a antibióticos en cepas ESKAPE de origen hospitalario. Q.F.B Eleazar López Pecina. 2024.
2.Análisis molecular y caracterización de la multiresistencia de bacterias del grupo ESKAPE aisladas a partir de muestras clínicas. IBT. Luis Daniel Rodríguez Sosa. 2023
3.Análisis molecular y caracterización bioinformática del resistoma de bacterias del grupo ESKAPE aisladas a partir de descargas de aguas residuales de zonas hospitalarias. I.B.T Gloria Dhení Guaní Sánchez. 2022.
4.Caracterización molecular de la virulencia y resistencia a antimicrobianos de un biobanco de cepas de Klebsiella sp. del noreste de Tamaulipas. Biol. Iván Guadalupe Aguirre Colunga.2022.
5.Detección molecular del SARS-CoV-2 en aguas de ecosistemas superficiales y residuales mediante análisis molecular. Q.F.B. Irving Jecsan Olivares Martínez. 2022.
6.Metagenómica comparativa para la detección de genes funcionales asociados a patogenicidad y virulencia en infecciones bacterianas de pie diabético. Q.F.B. Myriam Elizabeth Ramírez Martínez. 2021.
7.Cuantificación de los metabolitos secundarios (compuestos fenólicos y xanthorrizol) y análisis de la expresión del gen PAL en Iostephane heterophylla (Cav.) Benth (Asteraceae) de dos regiones de México. Q.F.B. Diana Victoria Navarrete Carriola. 2021.
8.Detección de secuencias genéticas residuales de vegetales transgénicos en el ambiente y su efecto sobre las poblaciones microbianas nativas. Q.F.B. Rubí Nohemí Neira Partida. 2021.
9.Identificación y caracterización del sistema CRISPR-Cas EN Staphylococcus aureus y su asociación a elementos genéticos móviles relacionados a patogenicidad. Q.B.P. Erick Adrián Cruz López. 2020.
10.Detección Molecular y prevalencia de bacterias de alto riesgo en infecciones de pie diabético. Q.B.P. David Dorantes Palma. 2019.
11.Determinación de la frecuencia de especies del género Mycobacterium en muestras ambientales del noreste de Tamaulipas. Biol. Ana Carolina Anzures Mendoza. 2019.
1.Genomic Analysis of Multidrug-Resistant Escherichia coli Strains Isolated in Tamaulipas, Mexico. Ortega-Balleza, J.L., Guerrero, A., Castro-Escarpulli, G., ...Rivera, G., Bocanegra-García, V. Tropical Medicine and Infectious Disease, 2023, 8(10), 458
2.Prevalence of ESKAPE Bacteria in Surface Water and Wastewater Sources: Multidrug Resistance and Molecular Characterization, an Updated Review. Aguilar-Salazar, A., Martínez-Vázquez, A.V., Aguilera-Arreola, G., ...Rivera, G., Bocanegra-Garcia, V. Water (Switzerland), 2023, 15(18), 3200
3.Assessment of the Microbial Communities in Soil Contaminated with Petroleum Using Next-Generation Sequencing Tools. García-García, R., Bocanegra-García, V., Vital-López, L., ...Rodríguez-Reséndiz, J., Mendoza-Herrera, A. Applied Sciences (Switzerland), 2023, 13(12), 6922
4.Extended-Spectrum β-Lactamase-Producing Escherichia coli Isolated from Food-Producing Animals in Tamaulipas, Mexico. Mandujano, A., Cortés-Espinosa, D.V., Vásquez-Villanueva, J., ...Bocanegra-García, V., Martínez-Vázquez, A.V. Antibiotics, 2023, 12(6), 1010
5.Molecular and Antimicrobial Susceptibility Characterization of Escherichia coli Isolates from Bovine Slaughterhouse Process. Vázquez-Villanueva, J., Vázquez, K., Martínez-Vázquez, A.V., ...Rivera, G., Bocanegra-García, V. Antibiotics, 2023, 12(2), 291
6.Evaluation of Retail Meat as a Source of ESBL Escherichia coli in Tamaulipas, Mexico. Martínez-Vázquez, A.V., Mandujano, A., Cruz-Gonzalez, E., ...Rivera, G., Bocanegra-García, V. Antibiotics, 2022, 11(12), 1795
7.Characterization of triatomine bloodmeal sources using direct Sanger sequencing and amplicon deep sequencing methods. Balasubramanian, S., Curtis-Robles, R., Chirra, B., ...Hamer, G.L., Hamer, S.A. Scientific Reports, 2022, 12(1), 10234
8.Azospirillum spp. from Plant Growth-Promoting Bacteria to Their Use in Bioremediation. Cruz-Hernández, M.A., Mendoza-Herrera, A., Bocanegra-García, V., Rivera, G. Microorganisms, 2022, 10(5), 1057
9.Draft Genome Sequence of a Uropathogenic Escherichia coli Sequence Type 44 Strain Carrying Multiple Antimicrobial Resistance Genes. Ortega-Balleza, J.L., Guerrero, A., Castro-Escarpulli, G., ...Rivera, G., Bocanegra-García, V. Microbiology Resource Announcements, 2022, 11(4)
10.Isolation and characterization of bacteria with potential naphthalene-degradation from “la Escondida” lagoon, Reynosa, Mexico. Gilberto Pinto-Liñan, Alma D. Paz-González, Valeria González-Muñoz, Isidro Palos, Maribel Mireles-Martínez, María A. Cruz-Hernández, Lenci K. Vázquez-Jiménez, Gildardo Rivera. 2022. AFINIDAD. Vol 79, No 597 (2022) https://doi.org/10.55815/408084
11.Identificación de proteínas en Candidatus Liberibacter Asiaticus para desarrollar un método de detección inmunoenzimático. Rodríguez-Quibrera, Cynthia Guadalupe, Isidro Humberto Almeyda-León, Felipe Roberto Flores de la Rosa, José Luis Hernández-Mendoza, María Antonia Cruz-Hernández, y Alberto Mendoza-Herrera. 2022. Revista Mexicana De Ciencias Agrícolas 13 (8). México, ME:1489-94. doi.org/10.29312/remexca.v13i8.3355.
12.Detection of multi-drug resistance and methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates from retail meat in Tamaulipas, Mexico. Martínez-Vázquez, A.V., Guardiola-Avila, I.B., Flores-Magallón, R., Rivera, G., Bocanegra-García, V. Annals of Microbiology, 2021, 71(1), 16
13.RDRio Mycobacterium tuberculosis strains associated with isoniazid resistance in Northern Mexico | Identificación del genotipo Mycobacterium tuberculosis RDRio en el norte de México y su asociación con la resistencia a isoniazida. Bocanegra-García, V., Cortez-de-la-Fuente, L.J., Nakamura-López, Y., ...Rivera, G., Palma-Nicolás, J.P. Enfermedades Infecciosas y Microbiologia Clinica, 2021, 39(8), pp. 399–402
14.Advances in control strategies against spodoptera frugiperda. A review.Paredes- Sánchez, F.A., Rivera, G., Bocanegra-García, V., ...Niño-García, N., Herrera-Mayorga, V. Molecules, 2021, 26(18), 5587
15.Identification and Characterization of the CRISPR/Cas System in Staphylococcus aureus Strains From Diverse Sources. Cruz-López, E.A., Rivera, G., Cruz-Hernández, M.A., ...Cruz-Pulido, W.L., Bocanegra-García, V. Frontiers in Microbiology, 2021, 12, 656996
16.Virtual screening of fda‐approved drugs against triose phosphate isomerase from entamoeba histolytica and giardia lamblia identifies inhibitors of their trophozoite growth phase. Juárez‐saldivar, A., Barbosa‐cabrera, E., Lara‐ramírez, E.E., ...Campillo, N.E., Rivera, G. International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22(11), 5943.
17.Multidrug Resistance of Escherichia coli Strains Isolated From Bovine Feces and Carcasses in Northeast Mexico. Martínez-Vázquez, A.V., Vázquez-Villanueva, J., Leyva-Zapata, L.M., ...Rivera, G., Bocanegra-García, V. Frontiers in Veterinary Science, 2021, 8, 643802
18.Characterization of a microbacterium sp. Strain isolated from soils contaminated with hydrocarbons in the Burgos Basin, Mexico | Caracterización de una cepa de microbacterium sp. Aislada en suelos contaminados con hidrocarburos de la cuenca de Burgos, México. Cruz-Hernández, M.A., Reyes-Peralta, J., Mendoza-Herrera, A., Rivera, G., Bocanegra-García, V. Revista Internacional de Contaminacion Ambiental, 2021, 37, pp. 227–235
19.Recent advances in the development of broad-spectrum antiprotozoal agents. Moreno-Herrera, A., Cortez-Maya, S., Bocanegra-Garcia, V., Banik, B.K., Rivera, G. Current Medicinal Chemistry, 2021, 28(3), pp. 583–606
20.Bacillus spp. characterization and his intervention as a possible non-traditional etiology of chronic renal insufficiency in Tierra Blanca, Veracruz, Mexico. Quiñones-Muñoz, T.A., Villares-Bueno, A.M., Hernández-Ramírez, G., ...Lizardi-Jiménez, M.A., Bocanegra-García, V. Scientific Reports, 2020, 10(1), 4321
21.In Silico Analysis of FDA Drugs as P2X4 Modulators for the Treatment of Alcohol Use Disorder. Reyes-Espinosa, F., Nieto-Pescador, M.G., Bocanegra-García, V., Lozano-Guzmán, E., Rivera, G. Molecular Informatics, 2020, 39(9), 1900111.
22.In vitro and in vivo evaluation of quinoxaline 1,4-di-n-oxide against giardia lamblia. Barbosa-Cabrera, E., Moo-Puc, R., Monge, A., ...Bocanegra-García, V., Rivera, G. Letters in Drug Design and Discovery, 2020, 17(4), pp. 426–431
23.In Silico Study of the Resistance to Organophosphorus Pesticides Associated with Point Mutations in Acetylcholinesterase of Lepidoptera: B. mandarina, B. mori, C. auricilius, C. suppressalis, C. pomonella, H. armígera, P. xylostella, S. frugiperda, and S. litura. Francisco Reyes-Espinosa, Domingo Méndez-Álvarez, Miguel A. Pérez-Rodríguez, Verónica Herrera-Mayorga, Alfredo Juárez-Saldivar, María A. Cruz-Hernández and Gildardo Rivera. 2019. Int. J. Mol. Sci. 2019, 20, 2404; doi:10.3390/ijms20102404
24.Molecular detection of Bacteroides fragilis in biopsies of diabetic foot infection in Mexico’s northeast region | Detección molecular de Bacteroides fragilis en biopsias de infecciones en pie diabético del Noreste de México. Dorantes-Palma, D., Cruz-Pulido, W.L., Bladinieres-Camara, E., Alcalá-Durán, R., Bocanegra-García, V. Mexican Journal of Biotechnology, 2019, 4(3), pp. 12
25.Characterization of the degradation potential of xenobiotic compounds by the rhizobacteria Azospirillum brasilense. María Antonia Cruz-Hernández, Juan Miguel Jiménez-Andrade, Alberto Mendoza-Herrera. 2019. Mexican Journal of Biotechnology 2019, 4(2):10-22. https://doi.org/10.29267/mxjb.2019.4.2.10
26.Identification of bacterial strains tolerant to pesticides from agricultural soils | Identificación de cepas bacterianas tolerantes a pesticidas aisladas de suelos agrícolas. Ortiz-Pérez, E.L., Bocanegra-García, V., Mendoza-Herrera, A., Cruz-Hernández, M.A. Mexican Journal of Biotechnology, 2019, 4(3), pp. 57–66
27.Bacterial load determination and potentially pathogenic bacteria detection from air conditioning filter samples collected from domestic environments in Mexico’s northeast region | Determinación de carga bacteriana y detección de bacterias con potencial patogénico a partir de muestras de filtros de aire acondicionado recolectadas en ambientes domésticos del noreste de México. Cabrero-Martínez, O.A., Cruz-Pulido, W.L., Sánchez-Pérez, M.I., ...Heredia-Mireles, I.G., Bocanegra-García, V. Mexican Journal of Biotechnology, 2019, 4(2), pp. 23–32
28.Analysis of the effect of methyl 2-acetamide-3-methylquinoxaline-7-carboxylate 1,4-di-N-oxide on the relative expression of the trypanothione reductase gene in Trypanosoma cruzi epimastigotes. Vazquez-Jimenez, L.K.K., Hernandez-Posada, M.I., Paz-Gonzalez, A.D., ...Bocanegra-Garcia, V., Rivera, G.R. Pakistan journal of pharmaceutical sciences, 2019,
29.Structure-based virtual screening and in vitro evaluation of new trypanosoma cruzi cruzain inhibitors. Herrera-Mayorga, V., Lara-Ramírez, E.E., Chacón-Vargas, K.F., ...Bocanegra-García, V., Rivera, G. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(7), 1742
30.Effect of 4-amino-3-nitrobenzoic acid on the expression level of the trans-sialidase gene in Trypanosoma cruzi epimastigotes. Vazquez-Jimenez, L.K., Paz-Gonzalez, A.D., Kashif, M., ...Bocanegra-Garcia, V., Rivera, G. Pakistan Journal of Pharmaceutical Sciences, 2019, 32(2), pp. 825–829
La retribución social de ha realizado a través de divulgación del conocimiento en foros de alcance al publico general como la radio, feria infantil de la ciencia, redes sociales y a través de los cursos que ofrece el laboratorio.
N/A
En el laboratorio contamos con capacidad para los siguientes servicios:
Detección de organismos genéticamente modificados o GMOs en vegetales y productos alimenticios
Análisis del perfil de poblaciones microbianas en suelos agrícolas, agua, lixiviados y biofertilizantes
Diagnóstico molecular de agentes infecciosos
Cultivo y antibiograma de agentes bacterianos y fúngicos de interés clínico y veterinario
Análisis fisicoquímico de suelos y aguas
Curso “Técnicas Esenciales de Biología Molecular”
Curso “Detección molecular de GMOs en alimentos”
Curso “Introducción a la microbiología diagnóstica”
CEPAS BACTERIANAS CON ACTIVIDAD BIOESTIMULANTE PARA PLANTAS. TÍTULO DE PATENTE No. 406137. Número. MX/a/2017/015637. 2023
Transferencia de la tecnología: Producción de Bioestimulante basado en la bacteria Azospirillum brasilense a la empresa Open Heavens. S. de R.L. de CV. Febrero de 2010.
Transferencia de la tecnología: Producción de Bioestimulante basado en la bacteria Azospirillum brasilense a la empresa BIOGEA. 2014. Noviembre de 2014.
