En el laboratorio de Bioinformática, aplicamos herramientas computacionales para el análisis de datos biológicos. Principalmente, evaluamos la diversidad genética y genómica de especies silvestres. Nuestro trabajo se orienta a especies consideradas en riesgo desde el punto de vista de la conservación, especies de importancia por el servicio que brindan en los ecosistemas o especies de valor comercial. A partir de genes, de representaciones reducidas de los genomas o de genomas mitocondriales analizamos la diversidad en las poblaciones, la demografía, adaptación y evolución de especies. Nuestro objetivo general es comprender los mecanismos que moldean la variabilidad en las poblaciones.
Diversidad genética y genómica comparativa
•Proyecto: Genética de Conservación de Tortuga lora (Lepidochelys kempii). Esta especie es un caso de éxito en conservación. El santuario de la tortuga lora se localiza en Rancho Nuevo, playa localizada en el sur de Tamaulipas. Mediante secuenciación masiva tipo ddRAD-seq, secuenciación de genomas mitocondriales y marcadores microsatéllites analizamos aspectos de diversidad y demografía de la especie.
•Proyecto: Diversidad alélica de genes de resistencia del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC). Los genes del MHC participan en el mecanismo de defensa innata y adaptativa en vertebrados. En este proyecto evaluamos la diversidad alélica de genes del MHC de distintas especies.
Guadalupe Moncerrat González Roldán. 2019-2021 Maestría en Ciencias en Biotecnología Genómica – IPN. •Identificación de alelos del gen MHC clase II β asociados a la resistencia a ectoparásitos en Ictalurus punctatus.
Julio Sendejas. 2019-2021 Maestría en Ciencias Biológicas. Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo. Instituto de Investigaciones Agropecuarias y Forestales. •Análisis de diversidad genética de poblaciones de Coyotes (Canis latrans) en diferentes zoológicos de la República Mexicana.
Jesse Ríos. 2020. Maestría en Ciencias de la Vida. Universidad Autónoma de Tamaulipas. •Diversidad genética y estructura poblacional del atún aleta negra (Thunnus atlanticus).
2018
Jessica Beatriz Herrera-Ojeda et al., 2018. Épocas de nacimiento basadas en un índice climático para el ajuste de modelos estadísticos para peso vivo de ganado bovino en México. Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias 2018 ISSN: 2007-1124 JCR. DOI: 10.22319/rmcp.v9i4.4517
Zepeda-Batista J.L. et al., 2018. Screening genetic diseases prevalence in Braunvieh cattle. Tropical animal health and production, pp.1-7. ISSN: 1573-7438 JCR. DOI: 10.1007/s11250-018-1655-y
Parra-Bracamonte G.M. et al., 2018. Assessment of some non-genetic factors that affects egg mass weight of Channel catfish. Latin American Journal of Aquatic Research 45(5): 979-982. ISSN 0718-560X. JCR. DOI: 10.3856/vol45-issue5-fulltext-13
2017
Catota-Gómez et al., 2017. Frequency and association of polymorphisms in CSN3 gene with milk yield and composition in Saanen goats Ecosist. Recur. Agropec. 4(12):411-417. DOI: 10.19136/era.a4n12.1165
Garza Brenner et al., 2017. Association of SNPs in dopamine and serotonin pathway genes and their interacting genes with temperament traits in Charolais cows. J Appl Genetics 58:363–371. DOI: 10.1007/s13353-016-0383-0
José Fernando Vázquez-Armijo, et al., 2017. Diversity and effective population size of four horse breeds from microsatellite DNA markers in South-Central Mexico. Arch. Anim. Breed., 60, 137–143. DOI: 10.5194/aab-60-137-2017
2016
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Pascuala Ambriz-Morales et al., 2016. The complete mitochondrial genomes of nine white-tailed deer subspecies and their genomic differences. Journal of Mammalogy, 97 (1): 234–245. DOI: 10.1093/jmammal/gyv172
Jahuey-Martínez F.J. 2016. Genome-wide association analysis of growth traits in Charolais beef cattle. Journal of Animal Science. 94:4570–4582. doi:10.2527/jas2016-0359 Print ISSN: 0021-8812; Online ISSN: 1525-3163 JCR.
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2015
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Paredes-Sánchez et al., 2015. Associations of SNPs located at candidate genes to bovine growth traits, prioritized with an interaction networks construction approach. BMC Genetics 2015 16:91. DOI: 10.1186/s12863-015-0247-3
2014
De La Rosa-Reyna, X. F., et al., 2014. Identification of two channel catfish stocks, Ictalurus punctatus, cultivated in Northeast Mexico. Journal of the World Aquaculture Society 45:104-114. DOI: 10.1111/jwas.12109
2012
De la Rosa-Reyna, X. F., et al., 2012. Genetic diversity and structure among subspecies of white-tailed deer in Mexico. Journal of Mammalogy 93:1158-1168. DOI: 10.1644/11-MAMM-A-212.2
• Otorgamiento de Título de Modelo de Utilidad. 3857. Dispositivo manual para extraer muestras cilíndricas de cortes de carne cruda o cocida o productos de textura similar. 17/05/2018. MX/2018/43763
• Registro de patente. Sistema de control para el monitoreo preventivo de rumiantes en manejo predestete intensivo. Solicitud: MX/a/2014/015324. Fecha de registro: 15/12/2014.
• Servicio de diagnóstico molecular aplicado a la ganadería bovina.
M.en C. Xóchitl Fabiola de la Rosa Reyna
Profesor Titular "A"
xdelarosa@ipn.mx
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