El laboratorio de Biotecnologia Genomica está interesados en estudiar los mecanismos moleculares de las interacciones bacterianas, evolución de genomas bacterianos y sus funciones ecológicas en naturaleza mediante los métodos de Omics, genética y biología molecular. Se concentra en la investigación del grupo de bacterias depredadoras, las cuales han generado un creciente interés para ser utilizadas como agentes de biocontrol y bioterapia ya que se encuentra que las cepas del género Bdellovibrio se ha demostrado no sólo su inocuidad en diversos medios y presencia ubicua, sino el ataque de patógenos de bacterias Gram-negativas. Además, el grupo de bacteria todavía no se conozcamos mucho y hay varias características particulares las cuales son buen materiales para investigación básicas y aplicaciones extensivas en salud, agricultura, acuacultura, e industria alimentaria y ambiental. El laboratorio también estudia diferentes aspectos de microbiología básica, en particular, las poblaciones bacterianas, su diversidad y taxonomía y desarrolla las técnicas de aplicaciones. Una de las labores más importantes de nuestro laboratorio es las colaboraciones activas nacionales e internacionales y da a los alumnos las oportunidades de estancia nacional e internacional.
1.Estudio de mecanismo molecular de las interacciones bacterianas.
2.Secuenciación y análisis de genomas.
3.Evolución del genoma y diversidad de bacteria.
4.Exploración de la función del gen por método de la genética y de la genómica funcional.
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Maestria
1.Maestría, José Antonio Vilchis Carmona, “Caracterización, Secuenciación Y Análisis Del Genoma De Una Cepa De Stenotrophomonas Sp. Aislada De México Con Capacidad Para Decolorar Eficientemente Los Colorantes Azo”, Centro de Biotecnología Genómica, Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 05-2019.
2.Maestría, Verónica González Mireles, “Aislamiento, Secuenciación y Análisis del Genoma de Un Depredador Bacteriano Que Ataca A Vibrio parahaemolyticus”, Centro de Biotecnología Genómica, Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 06-2021.
Maestría, José Luis Chávelas Reyes, “Análisis De Biología Estructural E Ingeniería De Proteínas Del Dominio De Unión Al Receptor De La Proteína S Del Virus Del Sars-Cov-2”, Centro de Biotecnología Genómica, Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 06-2022. 4.Maestría, Jimena Nieto Noblecía, “Análisis Del Genoma Y Las Características Biológicas De Una Cepa Depredadora Aislada De México Que Puede Atacar a Acinetobacter baumannii”, Centro de Biotecnología Genómica, Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 01-2023.
5.Maestría, Alma Lilia Vazquez Najera, “Análisis Y Comparación De Secretomas in silico DE Bdellovibrio bacteriovorus”, Centro de Biotecnología Genómica, Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 07-2023.
Doctorado
1.Doctorado, Temidayo Oluyomi Elufisan, “Isolation and Genomic Characterization of Stenotrophomonas spp in Mexico”, Centro de Biotecnología Genómica. Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 07-2019.
2.Doctorado, María de Jesús López López, “Clonación, Sobrexpresión y Análisis De La Estructura De La Enzima Enolasa De Helicobacter Pylori”, Centro de Biotecnología Genómica. Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 10-2019.
3.Doctorado, Yewande Olajumoke Ajao, “Analysis of genes involved in the interaction between Bdellovibrio and Gram-negative bacteria”, Centro de Biotecnología Genómica. Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 12-2022.
4.Doctorado, Eric Sánchez López, “Análisis genómico y fisiológico de sphingobium yanoikuyae s72: bacteria con capacidad de biodegradar hidrocarburos”, Centro de Biotecnología Genómica. Instituto Politécnico Nacional, México. Obtención en 01-2023.
1.Temidayo Oluyomi Elufisan, Luis Lozano, Virginia Patricia Bustos Arcos, Isabel Cristina Rodríguez-Luna, Alejandro Sánchez-Varela, Omotayo Opemipo Oyedara, Miguel Ángel Villalobos-López, Xianwu Guo. 2019 Complete Genome Sequence of Stenotrophomonas maltophilia Strain SVIA2, Isolated from Crude Oil-Contaminated Soil in Tabasco, Mexico. Microbiol Resour Announc. 8(30): e00529-19. https://doi.org/10.1128/MRA.00529-19.
2.Temidayo Oluyomi Elufisan, Isabel Cristina Rodríguez-Luna, Omotayo Opemipo Oyedara, Alejandro Sánchez-Varela, Armando Hernandez Mendoza, Edgar Dantan Gonzalez, Alma D. Paz-González, Kashif Muhammad, Gildardo Rivera, Miguel Ángel Villalobos-Lopez, Xianwu Guo. 2020 The Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAH) degradation activities and genome analysis of a novel strain Stenotrophomonas sp. Pemsol isolated from Mexico. PeerJ. 8(1):e8102. doi: 10.7717/peerj.8102.
3.Temidayo Oluyomi Elufisan, Isabel Cristina Rodríguez-Luna, Omotayo Opemipo Oyedara, Alejandro Sánchez-Varela, Oluyide Busayo, Samantha Flores-Trevino, Miguel Ángel Villalobos-López, Xianwu Guo. 2020 Antimicrobial susceptibility pattern of Stenotrophomonas species isolated from Mexico. African Health Sciences 2020;20(1):168-81..https://dx.doi.org/10.4314/ahs.v20i1.22.
4.Cristina Domínguez Castillo, Julia María Alatorre Cruz, Dolores Castañeda Antonio, José Antonio Munive, Xianwu Guo, Jesús Francisco López Olguín, Luis Ernesto Fuentes Ramírez, Ricardo Carreño López. 2021 Potential seed germination-enhancing plant growth-promoting rhizobacteria for restoration of Pinus chiapensis ecosystems. J. For. Res. 32(5):2143–2153. https://doi.org/10.1007/s11676-020-01250-3 (ISSN: 1007662X (print), 19930607)
5.Yamelie A. Martínez, Xianwu Guo, Diana P. Portales-Pérez, Gildardo Rivera, Julio E. Castañeda-Delgado, Carlos A. García-Pérez, José A. Enciso-Moreno, Edgar E. Lara-Ramírez. 2021 The analysis on the human protein domain targets and host-like interacting motifs for the MERS-CoV and SARS-CoV/CoV-2 infers the molecular mimicry of coronavirus. Plos One 16(2):e0246901. doi: 10.1371/journal.pone.0246901.
6.José Antonio Vilchis-Carmona, Isabel Cristina Rodríguez-Luna, Temidayo O Elufisan, Alejandro Sánchez- Varela, Martha Bibbins Martínez, Gildardo Rivera, Alma D. Paz-Gonzalez, Miguel Angel Villalobos-López and Xianwu Guo. 2021 The Decolorization and Degradation of Azo Dyes by two Stenotrophomonas strains isolated from Textile effluent (Tepetitla, Mexico). Brazilian Journal of Microbiology. 52(4):1755-1767. doi: 10.1007/s42770-021-00542-y.
7.Reyna Cristina Zepeda-Gurrola, Gerardo Vázquez-Marrufo, Xianwu Guo, Isabel Cristina Rodríguez-Luna, Alejandro Sáchez-Varela, Ma. Soledad Vázquez-Garcidueñas., 2021. Difference of MreBCD Complex Interactome in Salmonella Typhimurium ST19 and ST213 Genotypes on Pathogenesis and Stress Response Pathways. Current Protein & Peptide Science. 22(11):807-821. doi: 10.2174/1389203722666210921111214. (1389-2037 (print), 1875-5550 (online))
8.Eric Sanchez Lopez, Temidayo O Elufisan, Patricia Bustos, Cludia Paola Mendoza Charles, Alberto Mendoza-Herrera, Xianwu Guo. 2022 Complete Genome Report of a Hydrocarbon-Degrading Sphingobium yanoikuyae S72. Applied Sciences (Switzerland), 12(12), 6201. https://doi.org/10.3390/app12126201.
9.Yewand Olajumoke Ajao, Isabel Cristina Rodriguez-Luna, Temidayo Oluyomi Elufisan, Alejandro Sanchez-Varela, Diana Veronica Cortes-Espinosa, Andrew Camilli, Xianwu Guo. 2022 Bdellovibrio reynosensis sp. nov., from a Mexico soil sample. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 72(12), [005708]. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005608
10.Ibukun Abulude, Daniel Kadouri and Xianwu Guo 2023. Bdellovibrio bacteriovorus therapy, an emerging alternative to antibiotics. Letters in Drug Design & Discovery. DOI: 10.2174/1570180820666230912161923
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Jimena Nieto Noblecia, tomó una estancia en el laboratorio de Dr. Miguel Ángel Villalobos López, Centro de Investigación en Biotecnología Aplicada, IPN durante el agosto-diciembre de 2021 en el programa de Maestría en Ciencias en Biotecnología Genómica del Centro de Biotecnología Genómica.
Jimena Nieto Noblecia, tomó una estancia durante el octubre-diciembre de 2022 en el laboratorio del Dr. Andrew Camilli, Tufts University, School of Medicine, Molecular Biology and Microbiology, Boston, Estados Unidos, en el programa de Maestría en Ciencias en Biotecnología Genómica del Centro de Biotecnología Genómica.
Abulude Ibukun John, tomó una estancia durante el abril-june de 2023 en el laboratorio del Dr. Andrew Camilli, departamento of Molecular Biology and Microbiology, School of Medicine, Tufts University, Boston, Estados Unidos, en el programa de Doctorado en Ciencias en Biotecnología.
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