Instituto PolitÉcnico Nacional "La Técnica al Servicio de la Patria"

  
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Bioinformatica

Funciones del Laboratorio

 

El Laboratorio de Bioinformática del Centro de Biotecnología Genómica del Instituto Politécnico Nacional (CBG-IPN) tiene como una de sus metas principales proporcionar servicios de consultoría, análisis y manejo de datos, desarrollo de software y acceso a recursos de cómputo. El laboratorio está disponible para colaborar con la comunidad académica del CBG-IPN y también con usuarios externos.
 
Servicios: La principal directriz de los servicios es establecer un ambiente de colaboración dentro del CBG-IPN y contribuir a los proyectos de investigación, proporcionando soporte a la comunidad académica sobre diversos aspectos de la bioinformática.
 
Servicios básicos:
Ø Análisis de secuencias: alineamientos, perfiles, estructura secundaria, búsqueda de dominios y motivos;
Ø Estructura de proteínas: modelaje por homología, análisis de sitios de unión y generación de representaciones para publicación; Ø Implementación local de software de análisis de uso rutinario (Blast, Ensembl, EMBOSS, entre otros);
 
Servicios avanzados:
Ø Interpretación de listas de genes/proteínas producidas por tecnologías de alto rendimiento (high throughput), incluyendo análisis de enriquecimiento y sobre-representación de anotaciones biológicas de bases de datos tales como Gene Ontology (GO terms) y KEGG;
Ø Identificación de elementos genómicos funcionales, tales como genes y secuencias regulatorias mediante genómica comparativa; Ø Predicción de relaciones funcionales entre genes/proteinas por métodos basados en el contexto genómico y que no requieren de relaciones de homología entre secuencias/organismos (Predicción de interacciones físicas/funcionales);
Ø Predicción de sitios de interacción en proteínas;
Ø Simulaciones de dinámica molecular;
Ø Simulación del acoplamiento proteína-ligando y proteína-proteína (Docking);
Ø Docking aplicado al diseño de fármacos (Cribado virtual basado en la estructura proteica);
Ø Desarrollo de aplicaciones "a la carta" para grupos experimentales. La idea es implementar, usando tecnologías modernas y eficientes, protocolos que ahora mismo estos grupos estén realizando mediante la combinación de herramientas existentes (Excel, Access, etc.) o simplemente no se estén llevando a cabo por la imposibilidad de hacerlo con el software general disponible;
Ø Entrenamiento básico en bioinformática, GNU/Linux y programación en general y en específico Perl.

Líneas de Investigación

Simulación del proceso de reconocimiento molecular entre biomoléculas. Un evento clave en el establecimiento de cualquier respuesta biológica es el reconocimiento estructural, la interacción, entre las biomoléculas, o entre las biomoléculas y los ligandos, que se encuentran implicados en ella. Simular este proceso es necesario para lograr la manipulación racional de la respuesta biológica. Estamos utilizando este tipo de técnicas para descubrir moléculas orgánicas (posibles fármacos), que podrían ser utilizados para desarrollar medicamentos para el tratamiento de enfermedades que son problemas de salud pública. Biología de Sistemas (Descubrimiento de redes génicas). Los mecanismos de reconocimiento molecular determinan los circuitos génicos que subyacen a las respuestas celulares. Descubrir y catalogar estos circuitos es un primer paso obligado para llegar a entender estas respuestas desde un punto de vista molecular. Estamos utilizando este enfoque para la elucidación de los circuitos génicos subyacentes que están asociados con la respuesta a la infección con el virus del dengue y otros patógenos de importancia biomédica.

​Personal

Carlos Armando García Pérez. Profesor asociado, Ext. 87729, Correo: cargarcia@ipn.mx

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